Podczas okupacji zarządcami Spółdzielni zostają Niemcy. W „Zgodzie” zaczyna działać konspiracyjny zarząd polski, którego celem była ochrona pracowników „Zgody” przed prześladowaniami oraz pomoc płocczanom więzionym w obozach. Niemcy aresztowali aktywnych działaczy „Zgody”, siedmiu z nich zginęło podczas okupacji, wśród nich dwaj członkowie Zarządu. W tydzień po wyzwoleniu uruchomiono pierwsze siedem sklepów wraz z piekarnią.